LASE est un logiciel destiné à l'extraction et à l'analyse des spectres d'absorption des rayons X (X. A. S.), développé dans l'optique d'une utilisation conviviale et adaptée aux spectres enregistrés sur des échantillons dilués avec des réflecteurs légers (par exemple des spectres de métalloprotéines, ou de complexes de coordination des métaux de transition).
Ce logiciel a été développé de façon à pouvoir être utilisé sur n'importe quel ordinateur disposant soit d'unix et de X-Window, soit de Windows (95, 98 ou NT), soit d'un système compatible TOS+GEM, tout en essayant de séparer autant que possible la partie interface de la partie de traitement proprement dite afin de faciliter le développement éventuel de versions utilisant d'autres systèmes graphiques.
La réalisation d'une interface graphique conviviale permet aux personnes n'utilisant l'absorption des rayons X qu'épisodiquement de traiter les spectres plus facilement, tout en essayant de laisser la plus grande liberté dans la réalisation des différentes étapes du traitement et de l'analyse ; pour que l'utilisateur puisse toujours savoir exactement ce qu'il fait, et pour rendre le logiciel utilisable sur le plus grand nombre possible de systèmes, les sources sont disponibles. De plus, la suite de cette documentation présente explicitement les algorithmes et les formules utilisés, ainsi que la raison de ces choix.
Pour réaliser l'analyse des spectres, le programme repose sur le logiciel FEFF développé par John REHR & al., qui n'est pas fourni. Ce logiciel n'est absolument pas indispensable pour l'utilisation de LASE, et n'importe quel programme de calcul théorique des spectres peut a priori être utilisé pourvu que les résultats de ce programme puissent être récupérés dans LASE grâce aux options d'import. Pour plus de renseignements sur FEFF, et sur la façon de l'obtenir, consultez le site officiel de FEFF.
Pour disposer d'une visulation en trois dimensions du modèle structural défini, il faut disposer d'une bibliothèque OpenGL (par exemple mesa).
Pour réaliser des illustrations à partir des vues du modèle structural, il est possible d'utiliser Persistence of Vision Raytracer, dans sa version 3.1 au moins.
Le programme est distribué sous forme de source C à compiler. La première étape est la décompression de l'archive contenant ces sources (en général, une archive zip) dans un répertoire consacré à LASE. Pour cela, entrer l'une des commandes suivantes dans le shell, suivant l'archive téléchargée :
>unzip XExafs.zip >bzcat xexafs.tar.bz2 | tar -xvf - >zcat xexafs.tar.gz | tar -xvf -
La liste des fichiers contenus dans l'archive s'affiche au fur et à mesure de la décompression. Lorsque tout est décompressé, il est nécessaire de modifier le fichier Configuration, à l'aide d'un éditeur de textes, afin de décrire le système sur lequel vous comptez faire fonctionner LASE et l'endroit où doivent être installés le programme, les bibliothèques associées et les quelques pages de documentation. Pour une description détaillée, consultez le fichier LISEZ_MOI. Une fois cette configuration décrite, il est possible de lancer la compilation :
>make tout
Vous disposez alors du programme LASE installé là où vous l'avez demandé. Si la documentation a été installée dans un des dossiers connu de la commande man, vous pouvez vérifier que l'installation a été effectuée avec succès en tapant
>man lasequi doit afficher un mode d'emploi succint du programme.
Pour lancer LASE, il suffit alors de taper la commande :
>laseEn cas de problème, n'hésitez pas à me contacter à l'adresse indiquée en fin de document.
Si l'installation a été réalisée avec succès, le contenu du répertoire consacré à Lase n'est plus nécessaire &emdash; à moins que vous ne désiriez consulter les sources ou créer une nouvelle version ultérieurement.
Si vous voulez installer une nouvelle version (en particulier une mise à jour), il suffit de remplacer l'archive XExafs.zip par la nouvelle version de l'archive, de la décompresser par la commande
>unzip -u XExafs.zipet de relancer la compilation en tapant make tout. Seules les parties modifiées seront refaites. Il peut éventuellement être nécessaire de redéfinir votre configuration en modifiant le fichier Configuration.
Le programme est distribué sous forme d'une archive zip contenant plusieurs versions du programme précompilé, suivant le type de processeur et la présence ou non d'un coprocesseur arithmétique. Consultez le fichier LISEZ.MOI pour plus d'informations.
Pour lancer le programme, il suffit de double-cliquer sur l'icône de la version que vous souhaitez lancer.
Le programme est distribué sous forme d'une archive zip contenant le programme précompilé, ainsi qu'une bibliothèque dynamique (DLL) à placer dans le dossier SYS de WINDOWS.
Pour lancer le programme, il suffit de double-cliquer sur son icône.
Une fois l'installation effectuée, le programme peut être lancé par n'importe quelle méthode utilisable sur votre système, en particulier par les commandes indiquées dans la partie précédente. Le programme ouvre une barre de menus à l'écran, qui permet d'accéder aux diverses opérations réalisables par le programme :
Il ouvre ensuite une fenêtre contenant uniquement le texte « Pas de graphe en mémoire » sur fond blanc ; cette fenêtre est la fenêtre principale du programme et ne peut être fermée. Le terme « graphe » désigne tout ensemble de valeurs associées par un lien logique, essentiellement un ensemble de valeurs (x, y = f(x)) &emdash; un spectre E.X.A.F.S. est un cas particulier de graphe de la forme (k, c(k)), un spectre d'absorption un graphe de la forme (E, µ(E)). Le graphe affiché dans cette fenêtre est le graphe courant ; c'est sur ce graphe que s'effectuent les diverses opérations disponibles depuis la barre de menu ou le clavier. Différents graphes sont regroupés dans une série ; la série qui contient le graphe affiché est la série courante.
Enfin, un sélecteur de fichiers apparaît, permettant de charger un ou plusieurs graphes sauvés auparavant par le programme. Si vous ne voulez pas en charger un, cliquez sur Annuler. Dans ce cas, seules les options permettant de charger, d'importer ou de créer un graphe sont utilisables (ainsi que toutes les options ne travaillant pas sur un graphe, comme les options de création d'un fichier FEFF.INP).
L'ascenseur sur la droite de la fenêtre permet de se déplacer parmi les graphes en mémoire pour choisir le graphe courant ; il est aussi possible d'utiliser les touches fléchées vers le haut ou le bas pour se déplacer. Seules, les touches fléchées passent au graphe précédent ou suivant ; avec shift, elles remontent ou descendent de dix graphes ; avec control, elles passent au premier ou au dernier graphe.
L'ascenseur horizontal, en bas de la fenêtre, permet de passer d'une série de graphes à une autre ; son fonctionnement est similaire, les touches correspondantes étant les flèches vers la gauche (série précédente) et la droite (série suivante). Lorsque l'on change de série, le premier graphe de la nouvelle série devient le graphe courant.
Lorsque la souris se trouve sur la région de la fenêtre contenant le graphe, un réticule apparaît à la position de la souris et les coordonnées de la souris dans le repère utilisé pour dessiner le graphe sont affichées en haut de la fenêtre, dans la barre d'informations, qui indique aussi la nature du graphe affiché. Le nom du graphe, lui, est affiché dans la barre de titre de la fenêtre.
Il est possible, dans une certaine mesure, de modifier l'affichage dans cette fenêtre : le cadre contenant le graphe peut être agrandi ou diminué en cliquant sur les bords, déplaçant le bord ou le coin ainsi choisi et cliquant de nouveau sur la position souhaitée de cet élément ; il peut être déplacé en cliquant au centre et en maintenant la touche shift enfoncée un second clic indique la nouvelle position. Ces changements de taille et de position sont valables pour l'affichage de tous les graphes par la suite.
Il est possible d'agrandir une portion du graphe en définissant, par deux clics, la région à conserver ou en double-cliquant au centre du cadre pour entrer des coordonnées précises. Dans le second cas, il apparaît alors la boîte de dialogue suivante :
L'option Optimiser permet de calculer les bornes de cette zone d'affichage en fonction de critères à choisir parmi ceux proposés dans le menu qui apparaît en cliquant sur le bouton. Par exemple, l'option X et Y de ce menu calcule les bornes en x et en y de la région contenant exactement le graphe. Les options X seul et Y seul calculent ces bornes uniquement pour la coordonnée indiquée. Un clic sur Confirmer prend en compte les modifications. Ces modifications sont valables tant que le graphe courant reste le même, dès que l'on change de graphe courant les bornes sont recalculées de façon à ce que le graphe soit entièrement représenté dans le cadre.
Un double-clic sur le bord inférieur du cadre permet de modifier la couleur de la légende, les graduations utilisées et la façon dont sont tracés la grille et l'axe horizontaux, grâce à la boîte de dialogue ci-dessous.
Un double-clic sur le bord gauche autorise les mêmes paramétrages pour l'échelle verticale. Ces paramètres sont valables jusqu'à la modification suivante, quel que soit le graphe affiché.
Un clic avec le deuxième bouton (bouton droit sur les souris à 2 boutons ; bouton du milieu sur les souris à 3 boutons) appelle une boîte qui donne quelques informations sur la structure interne du graphe : type, nombre de points, valeurs limites,...
Si vous connaissez par avance les noms des fichiers à charger, il est possible de les passer sur la ligne de commande. Les fichiers sont alors chargés automatiquement ; le dernier fichier chargé est affiché à l'écran dans la fenêtre principale et correspond au graphe courant. Si un fichier n'est pas reconnu par LASE, il est ignoré après un message d'avertissement ; si aucun fichier n'est reconnu, le sélecteur de fichier apparaît.
L'option -H permet de démarrer automatiquement un historique des opérations effectuées dans le programme.
La version X-Window dispose de plus d'un certain nombre d'options afin de paramétrer l'affichage : choix de la fonte, de la taille par défaut des fenêtres,... Voyez la page de man associée au programme (man lase) pour le rôle et l'utilisation de ces différentes options.
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