Le menu Fichiers

Ce menu regroupe principalement les opérations de chargement et de sauvegarde des graphes (donc, en particulier, des spectres d'absorption X), aussi bien au format propre à LASE que vers d'autres formats.


Charger...

Cette option permet de charger dans le programme un ou plusieurs graphes sauvés au format propre à LASE.

Le format de LASE conserve les informations suivantes :

  • le graphe proprement dit ;
  • le nom et les légendes du graphe, sa couleur et le style de dessin utilisé ;
  • le type du graphe ;
  • les écarts-types en X et en Y associés à chaque point, s'ils existent ;
  • la matrice de covariance entre les points, si elle existe ;
  • pour les transformées de Fourier, la fenêtre utilisée pour le calcul.
  • Attention ! Le format utilisé est un format binaire, qui permet de mémoriser les valeurs numériques avec la même précision que celle utilisée par le programme sans augmenter démesurément la place occupée sur le disque. Cependant, la façon dont les nombres sont codés varie d'un ordinateur à l'autre, ce qui rend l'utilisation de ce format impossible pour réaliser des échanges d'un ordinateur à l'autre, dans le cas général. Ainsi, par exemple, un fichier sauvé avec LASE sur une alpha ne pourra pas être relu par LASE tournant sur un pentium. Pour qu'un fichier puisse être reconnu par deux machines différentes, ces deux machines doivent :

  • avoir les mêmes tailles d'entiers (int et long) et de nombres décimaux (double) ;
  • coder les entiers de la même façon (endianness) ;
  • coder les nombres décimaux de la même façon.
  • Ainsi, à titre indicatif, les vieilles Silicon Graphics (Indy) peuvent relire les fichiers créés sur un Mac récent (PPC, MacOS X) mais pas ceux créés sur un PC.

    Lorsque l'on choisit cette option, le sélecteur de fichier apparaît ; sur les systèmes possédant un sélecteur de fichier standard, il est utilisé (GEM, MacOS) ; sous X-Window, le sélecteur est celui-ci :
    Sélecteur de fichiers sous X

    Les noms précédés d'un D représentent des dossiers, un clic dessus ouvre ce dossier et en affiche le contenu. Pour revenir dans le dossier précédent, cliquer sur le bouton avec une croix en haut à droite de la liste des noms de fichiers. Le chemin complet apparaît en haut du sélecteur.

    Pour choisir un fichier, il suffit de cliquer dessus. Il est possible de choisir autant de fichiers que désiré, pourvu qu'ils soient dans le même dossier : tous les fichiers en inversion vidéo sont sélectionnés ; pour ne plus le choisir, recliquer dessus. Le dernier nom cliqué apparaît en bas, où il est aussi possible d'entrer directement le nom du fichier à charger. Lorsque le choix est fait, cliquez sur OK.

    Si la molette de la souris est configurée, il est possible de l'utiliser pour faire défiler la liste des fichiers.


    Sauver...

    Permet de sauver le graphe courant (celui affiché dans la fenêtre principale) au format propre à LASE. Le sélecteur qui apparaît fonctionne exactement comme le précédent, si ce n'est qu'il est impossible de sélectionner plusieurs fichiers. Pour entrer un nouveau nom, il suffit de le taper dans l'espace en bas du sélecteur. Si un fichier est sélectionné, son nom est affiché à cet endroit ; si l'on modifie ce nom, la version modifiée est utilisée. Si le fichier existe déjà, il est renommé avec le suffixe .bak (s'il y avait déjà un fichier avec ce suffixe, il est perdu).


    Importer ASCII...

    Cette option permet d'utiliser dans LASE des données préparées avec d'autres programmes, ou avec LASE sur un autre ordinateur. Un fichier peut être importé par cette commande si :

  • les données sont en ASCII (les valeurs numériques sont lisibles directement) ;
  • le fichier contient une ligne par point, les lignes étant séparées selon la convention unix, pc ou mac (les fichiers VMS ne sont donc pas directement reconnus : il faut les récupérer par un ftp en mode texte impérativement) ;
  • les différentes valeurs correspondant à un même point du graphe sont séparées par un caractère particulier, le plus souvent des espaces ou des tabulations (les fichiers avec des champs de taille fixe ne seront donc lisibles que s'il existe un emplacement vide entre deux champs) ;
  • les valeurs décimales utilisent comme séparateur décimal le point ou la virgule. Le caractère de séparation des champs étant prioritaire, si la virgule sert à séparer des champs, elle sera correctement utilisée mais, bien sûr, ne pourra plus servir de séparateur décimal;
  • il y a le même nombre de colonnes sur chaque ligne.
  • Si une colonne contient un texte, elle est ignorée ou associée à la valeur 0. Si les lignes ne contiennent pas toutes le même nombre de colonne, les colonnes manquantes sont supposées nulles, de même que les colonnes vides (deux caractères séparateurs successifs). Si une colonne contient un nombre suivi d'un texte, seul le nombre est utilisé. La notation scientifique est reconnue, soit sous la forme 1,5e-3 (classique en informatique), soit sous la forme 1,5*10^-3 (avec comme symbole de multiplication *, x ou ×).

    À l'appel de cette option, il apparaît une boîte de dialogue qui permet de définir le format du fichier à charger, donc comment en extraire les données.

    Importer ASCII...

    La partie haute définit l'organisation générale du fichier, la partie intermédiaire précise quelles données (quelles colonnes) de ce fichier doivent être prises en compte, la partie basse définit la nature des graphes créés à l'issue de l'importation.

    La partie haute permet d'indiquer le nombre de colonnes dans le fichier (si le bouton Auto est activé, ce nombre est déterminé automatiquement, à partir de la première ligne de données), le caractère qui les sépare (si le bouton Tab. ou espace est activé, une ou plusieurs espaces ou tabulations séparent deux colonnes), le caractère qui introduit les lignes de commentaire (reconnu comme tel en début de ligne uniquement) et le nombre de lignes à ignorer en début de fichier. Le bouton format propose une liste de formats prédéfinis qui permet de remplir ces informations.

    Si la case Nouvelle série est activée, les fichiers chargés sont placés dans une nouvelle série de graphe (dont le nom sera celui indiqué en bas de la boite de dialogue) ; dans le cas contraire, ils sont ajoutés à la série courante (si elle n'est pas protégée contre les modifications. Sinon, une nouvelle série est créée). Si la case Une série par fichier est active, une série est créée pour chaque fichier.

    Lorsqu'un fichier comprend plusieurs colonnes, la case contient plusieurs graphes permet de préciser si chaque colonne correspond à une série de données différente (case cochée) ou à diverses valeurs associées au même graphe (case non cochée).

    La signification de ces colonnes est donnée dans la partie centrale. Une case cochée à côté d'une valeur indique qu'il existe une colonne contenant cette grandeur. La nature du graphe créé dépendra des cases ainsi cochées. Si le fichier contient plusieurs graphes, Y indique les colonnes qu'il faut conserver, sous forme de plage de valeur. Les graphes sont alors à valeurs réelles, obligatoirement, et sans barre d'erreur associée par défaut. Dans le cas contraire, Y indique quelle (unique) colonne contient les Y ; le graphe peut être à valeurs réelles ou complexes et posséder des erreurs en X ou en Y dans des colonnes distinctes (à préciser).

    La dernière partie de la boîte permet de préciser, outre le nom de la série, le type du ou des graphes ainsi importés. Tous les graphes du fichier auront donc le même type, qui peut cependant être modifié par la suite à l'aide de la boîte donnant les informations sur un graphe. Si vous voulez un graphe qui puisse être utilisé dans n'importe quelle opération de LASE, choisissez Graphe sans type connu ; si la nature de vos données ne correspond pas à un des types par défaut, choisissez Graphe d'un autre type.

    Les graphes créés auront pour nom le nom du fichier et les numéros de colonne utilisés, précédés d'un # (par exemple, toto.dat, #2=f(#1)). Chaque graphe venant d'un même fichier aura sa propre couleur, correspondant au numéro de colonne utilisé.


    Importer FEFF...

    Cette option permet d'utiliser dans LASE les résultats de calculs théoriques effectués avec FEFF. Il apparaît une boîte de dialogue, qui permet de définir quel type de fichier FEFF doit être importé et quelles informations doivent en être extraites.

    fenêtre import_feff

    LASE reconnaît quatre types de fichier FEFF :

  • les fichiers feffxxxx.dat, où xxxx représente un nombre à quatre chiffres. Ces fichiers contiennent des informations à propos des différents chemins explorés par FEFF ;
  • les fichiers chipxxxx.dat, où xxxx représente un nombre à quatre chiffres. Ces fichiers contiennent la contribution de chacun des chemins au signal E.X.A.F.S. calculé par FEFF ;
  • les fichiers chi.dat qui contiennent le signal E.X.A.F.S. total calculé par FEFF ;
  • les fichiers xmu.dat qui contiennent le coefficient d'absorption total calculé par FEFF.
  • Pour davantage d'informations sur le contenu exact de chacun de ces fichiers, ainsi que la façon de les obtenir, reportez-vous à la notice de FEFF.

    Les quatre boutons en haut à gauche permettent de choisir le type de fichier à récupérer ; il est alors possible de préciser quelles sont les informations à récupérer et (pour xmu.dat) l'échelle à utiliser en abscisse à l'aide des boutons en bas de la boîte de dialogue.


    Exporter

    Cette option permet de pouvoir utiliser les résultats obtenus avec LASE dans d'autres programmes, soit pour poursuivre le traitement des données, soit pour réaliser des illustrations. Cet export se fait au format ASCII, avec les conventions décrites pour l'import (une ligne par point, dans laquelle les valeurs sont séparées par des espaces) : un fichier ainsi exporté est donc tout à fait lisible par LASE. C'est d'ailleurs la méthode à suivre pour échanger des fichiers entre deux versions de LASE fonctionnant sur des ordinateurs différents.

    Lorsque cette fonction est appelée, la boîte de dialogue qui apparaît est la même que celle utilisée pour l'import, si ce n'est que certaines options qui n'ont pas lieu d'être sont inaccessibles. Pour préparer l'export, il suffit d'indiquer quelle colonne doit recevoir quelle information ainsi que l'existence ou non de commentaires. Si les commentaires sont autorisés (un caractère est défini dans la ligne correspondante), le fichier créé commence par des lignes de commentaire indiquant le nom du graphe ainsi exporté et le format utilisé. Les barres d'erreur sont incluses dans la colonne indiquée uniquement si elles existent et si cette colonne est compatible avec le nombre maximal de colonnes indiqué, mais le nombre de répétitions associé (utilisé pour les test statistiques) est perdu. Pour les graphes à valeurs complexes, le programme sauvegarde la partie réelle et la partie imaginaire. Si le format indique plus de colonnes que nécessaire, les colonnes inutilisées sont remplies avec des zéros. Les valeurs sont écrites de telle sorte qu'il y ait toujours au moins 6 chiffres significatifs.

    Quand les paramètres sont définis, cliquer sur « Exporter » puis indiquer le nom du fichier à créer à l'aide du sélecteur de fichiers qui apparaît. Le fichier créé a des fins de lignes de type DOS (CR+LF).

    Format EDA

    Ce bouton prépare l'export à un format utilisable par les logiciels de traitement de l'E.X.A.F.S. EDA : le fichier créé contient deux colonnes, la première correspond aux y et la seconde correspond aux x. Il n'y a pas de commentaire. Attention ! Les programmes EDA ne peuvent pas travailler avec plus d'un certain nombre de points par graphe (en général 1024, moins pour EDAFIT) ; une tentative de charger un fichier plus gros conduit généralement à un plantage du programme. Avant l'export, vérifiez donc bien que le spectre choisi ne dépasse pas cette taille limite. De plus, il est impossible d'exporter des graphes à valeurs complexes et les barres d'erreur sont perdues.

    Format GNUplot

    Ce bouton prépare l'export à un format utilisable par le logiciel GNUplot : le fichier contient deux colonnes et commence par quelques lignes de commentaires introduites par le symbole #. Il peut être utilisé dans GNUplot directement avec la commande plot "nom_fichier".


    Exporter une image

    Cette option permet de créer une image représentant le graphe courant, tel qu'il apparaît dans la fenêtre principale. La boîte de dialogue qui apparaît permet de choisir le format de l'image ; seul le format PostScript est utilisable sous unix ; les autres formats, spécifiques du GEM, ne seront pas détaillés ici.

    Format PostScript

    Cette option crée un fichier postscript qui décrit le graphe courant et les axes, gradués, tels qu'ils apparaissent dans la fenêtre principale. Le postscript généré n'utilise que des opérateurs de base du langage, il est donc a priori compatible avec n'importe quel interpréteur postscript. Les couleurs sont conservées, les textes sont écrits avec la fonte Helvetica normalement disponible dans toute imprimante postscript.

    fenêtre export PS

    La boîte de dialogue qui apparaît permet de définir la taille du dessin généré : la taille du papier et les marges indiquées, exprimées en millimètres, permettent de calculer les facteurs d'échelle de façon à ce que le cadre entourant le graphe occupe la place indiquée (mais cela n'impose en rien le format réel du papier). L'option Tournée permet de choisir l'orientation du dessin : si elle est active, le programme considère que le papier est tourné de 90°, sinon il garde l'orientation du papier indiquée. Par défaut, le programme propose une impression sur du papier A4 en format paysage.

    Si l'option EPS est activée, le postscript généré est conforme aux spécifications des fichiers encapsulés. Le fichier est donc utilisable par des programmes tels que word ou TeX.

    Si l'option Niveau 2 est activée, le fichier généré peut contenir des commandes spécifiques de la version 2 du langage. Certains interpréteurs peuvent alors ne pas le reconnaître (par exemple calipso).

    Les deux options à gauche des précédentes permettent de contrôler l'aspect du dessin, en modifiant l'épaisseur du trait et la hauteur des symboles utilisés pour tracer les graphes. L'épaisseur de trait est valable pour tous les traits dessinés (cadre, graduations, axes, graphe) ; la hauteur de marques n'intervient que lorsque le graphe est tracé avec un symbole par point (par exemple, si chaque point est représenté par une croix).


    Imprimer

    Cette option n'est disponible que sous GEM si une version de GDOS est installée et ne sera pas décrite ici. Pour imprimer sous unix, le plus simple est de créer un fichier Postscript et de l'imprimer ensuite grâce à la commande lpr depuis l'interpréteur de commandes.

    Si vous n'avez pas d'imprimante postscript, un programme tel que ghostscript peut vous rendre de fier services pour imprimer ce type de fichiers.


    Configurer

    Cette option n'est pas encore disponible.


    Quitter

    Comme son nom l'indique... Si vous confirmez que vous désirez quitter le programme, LASE vérifie que les données en mémoire ont bien été sauvées et, dans le cas contraire, vous permet de le faire.

    Plus précisément, LASE commence par effacer les molécules en mémoire et tous les graphes qui peuvent y être associés. Il ferme ensuite les fenêtres de travail. S'il reste encore des graphes, il appelle alors l'option Effacer tous les graphes pour vous permettre de sauver les graphes que vous voudriez conserver, puis le programme est arrêté.


    Menu « LASE » Sommaire Menu « Graphes » (mode extraction)

    Emmanuel CURIS
    Last modified: Thu Oct 9 11:04:41 CEST 2003